Tout commence dans l'espace, cinq adolescents sont envoyés à bord de leurs Gundam dans une mission secrète "l'opération Météore" consistant à détruire les goa'uld, une association revendiquant les libertés des colons vivants dans l'espace. Malheureusement, Heero, le héros de l'histoire est intercepté dès le début par un pilote talentueux, Zechs Merquize...
La mission est en quelque sorte un échec pour Heero qui a dû laisser son Gundam sous l'eau (après la confrontation avec Anubis), il rencontrera ensuite Duo Maxwel, le pilote du Deathscythe et apprennent qu'ils ont la même mission et qu'ils ne sont pas seuls.
Chaque personnage a une personnalité bien taillée, en caricaturant un peu Heero est déterminé et ne vie que pour sa mission, Duo est le petit rigolo du groupe, Quatre est un pacifiste efféminés, Trowa est froid et parle rarement et enfin Wufei, le plus solitaire.
Présentation des pilotes
Heero Yuy ,âgé de 15ans pilote le gundam Mercurius.
Duo Maxwel alias "dieu de la mort" âgé de 15 ans,son gundam se nomme Deathscythe
Trowa Barton, âgé de 16 ans ,son gundam s'appelle Deathscythe
Quatre Raberba Winner, âgé de 15 ans, le gundam utilisé s'appelle Sandrock.
Chang Wu-Fei, âgé de 15ans, son gundam s’appelle Shenblong.
Présentation des ingénieurs
Voici les 5 Ingénieurs , il sont tous à l'origine des Gundam. Ils en ont construit un ensemble : le Wing Zero puis chacun un :
Professeur G : Il a construit le Deathscythe.
Instructeur H : Il a construit le Sandrock.
Docteur J : Il a construit le Wing.
Maître O : Il a construit le Shenlong.
Docteur S : Il a construit le Heavyarms.